Las Escrituras nos ofrecen también muchos datos acerca de San Juan, el discípulo amado, autor del Cuarto Evangelio, tres Cartas, y el Apocalipsis, pescador de Betsaida, hijo de Zebedeo, hermano de Santiago, discípulo del Bautista y apodado hijo del trueno, participó con Pedro y Santiago de los episodios más significativos de la vida de Jesús, y en la Última Cena recostó su cabeza en el pecho del Señor, por ello es llamado el que está sobre el pecho.
Estuvo con María junto a la cruz, y fue testigo junto a Pedro del sepulcro vacío. Los Hechos lo nombran nuevamente junto a Pedro, y Pablo lo menciona entre las columnas de la Iglesia.
Es llamado el Teólogo por la profundidad de su Evangelio, que difiere en no pocos aspectos de los sinópticos.
Fuentes muy antiguas -algunas legendarias- señalan que vivió primero en Antioquía y luego en Éfeso.
San Ireneo, hacia 175, escribe: Juan, el discípulo del Señor, el mismo que descansó sobre su pecho, publicó también el evangelio cuando se encontraba en Éfeso.
Luego viajó a Roma, donde por orden del emperador Domiciano, fue echado (ya cerca de los noventa años de edad) al aceite hirviendo cerca de la Puerta Latina, lo que dio origen a una fiesta, hoy suprimida del Calendario Romano: San Juan delante de la Puerta Latina, que se celebraba el 6 de mayo como memoria del "martirio" del apóstol; salió indemne del suplicio y fue deportado a la isla de Patmos, donde escribe el Apocalipsis, y murió a finales del siglo I.
Casi siempre se lo representa como un joven sin barba y de pelo largo; sin embargo, sobre todo en Oriente, aparece a veces como un anciano de larga barba blanca, a causa de haber sido el apóstol que alcanzó una edad más avanzada.
Muchas veces lleva una pluma o un rollo en que se lee, generalmente, el comienzo de su Evangelio ("In princípio erat Verbum", "En el principio era el Verbo"), y está acompañado por un águila, que es su atributo en tanto que evangelista, por el alto vuelo de su pensamiento y porque su Evangelio comienza justamente arriba, en el cielo, junto a Dios . El atributo del águila es muy antiguo, y el más común de los que identifican a Juan.
Juan suele ser representado en los numerosos episodios y circunstancias que lo tienen como protagonista en los Evangelios y en los Hechos, muchas veces junto a Pedro.
Una representación muy común, pero de origen extrabíblico, muestra a Juan con una copa entre sus manos; de ella, en ocasiones, sale una serpiente. El origen de este atributo es un apócrifo del siglo VI que cuenta que a Juan, en Éfeso, un sacerdote del templo de Diana le ofreció a beber a Juan un vaso de veneno; él lo bendijo y luego lo tomó sin sufrir daño. La iconografía muestra cómo se escurre el veneno en forma de una serpiente, atributo que se hizo popular desde el siglo XIV.
Otro atributo muy antiguo, pero no tan usual, es un tonel o una caldera, recuerdo de su martirio en aceite hirviendo.